Cette activité traditionnelle du Bugey bénéficie du renom de Brillat-Savarin, l'enfant du pays qui a donné au goût, à la qualité et à la convivialité leurs lettres de noblesse. L'agroalimentaire emploie aujourd'hui plus de 500 personnes, soit une proportion supérieure à la moyenne régionale. La production de fromages y occupe une large place avec la Fromagerie Guilloteau à Belley (Pavé d'Affinois) ou la Société Laitière d'Argis (Emmental), filiale du Groupe Lactalis.
Des fromageries artisanales comme la Fruitière de Brénod (Comté) ou la Fromagerie de Saint-Rambert-en-Bugey (Ramequin), perpétuent une tradition liée à un savoir-faire reconnu et à une source d'approvisionnement locale de grande qualité (cheptel de vaches laitières du Bugey en zone de montagne).
D'autres activités sont présentes comme la viande de boucherie, bénéficiant d'un abattoir moderne à Hotonnes et d'un label de qualité, la charcuterie ou la Distillerie de l'Etoile dont les liqueurs Kario-Kylon et Stellina ont fait la renommée. Ce secteur est aussi représenté par d'autres produits du terroir, regroupés au sein de la marque "Saveurs du Bugey", et bien entendu par la viticulture. Les vins du Bugey, d'appellation d'origine, ont en effet assis leur réputation sur la maîtrise de la vinification de cépages comme le Chardonnay, le Gamay, le Pinot noir, la Mondeuse, l'Altesse ou encore la Molette, associés à un sol et à un climat particulièrement favorables.